Η αρχαία Άμβροσσος κατοικήθηκε κατά την Προμυκηναϊκή περίοδο (3000-1500 π.Χ.) από το Πελασγικό φύλο των Λελέγων, ενώ μετά την κάθοδο των Δωριέων (1200 π.Χ.) οριστικοποιείται η ανάμειξη του πληθυσμού της περιοχής. Στην Ομηρική περίοδο (1200-800 π.Χ.) αναφέρεται ότι και οι Αμβροσσείς συμμετείχαν στον Τρωικό Πόλεμο (1184 π.Χ.), ενώ ταυτόχρονα συναντάμε και την ονομασία Μεδεών. Ο Όμηρος αποκαλεί τον Μεδεώνα «Ευκτήμερον πτολίεθρον» δηλ. όμορφη πόλη. Ο Μεδεών μαζί με το Καστρί θεωρείται ως η αρχαιότερη γνωστή πόλη στην περιοχή. Ενώ έχουν έρθει στο φως και λείψανα της μεσοελλαδικής (1900-1600 π.Χ.) και κεραμικής υστεροελλαδικής περιόδου (1600/1580 - 1100 π.Χ.).
Κατά την αρχαιότητα, η περιοχή της Αμβρόσσου ανήκε στην Φωκίδα (συμπεριλήφθηκε στο νομό  Βοιωτίας επί Καποδίστρια), καθιστώντας τους μέλος των Φωκέων, οι οποίοι «δεν εμήδισαν», σε αντίθεση με τους Βοιωτούς, πληρώνοντας το με την καταστροφή τους από τους Πέρσες το 480 π.Χ.
Οι Αμβροσσείς συμμετείχαν μαζί με τους Φωκείς σε διάφορες εκστρατείες, ο Ροίος ο Αμβρωσσεύς ήταν επικεφαλής πεζικού εναντίον των Θεσσαλών στον Ιερό Πόλεμο του 356-346, π.Χ. Μετά την λήξη του και η Άμβροσσος μεταξύ των άλλων Φωκικών πόλεων, καταστρέφεται από τον Φίλιππο Β' τον Μακεδόνα και οι κάτοικοί της διασκορπίζονται σε κώμες για να επανέλθουν αργότερα με τη βοήθεια Αθηναίων και Θηβαίων.
Ο Παυσανίας, στα Φωκικά δίνει πληροφορίες για την περιοχή κατά την αρχαία κλασσική και ρωμαϊκή περίοδο, ο οποίος πιστοποιεί την ύπαρξη πολλών αμπελιών. Παράλληλα στην περιοχή εφύετο και ένα χαρακτηριστικό είδος θάμνου, ο επονομαζόμενος κόκκος από τους κατοίκους της περιοχής, τον καρπό του οποίου χρησιμοποιούσαν για να παράγουν μία περιζήτητη, ανοιχτού κόκκινου χρώματος βαφή.
Το 198 π.Χ. η πόλη καταλαμβάνεται από τους Ρωμαίους μέχρι το 375 μ.Χ. και εδώ τοποθετείται Ρωμαίος έπαρχος, ενδεικτικό της στρατιωτικής και διοικητικής σημασία της. Ενδιάμεσα και κατά το 250 μ.Χ. καταστρέφεται από γαλατικές και κέλτικες επιδρομές.
Κατά την πρώιμη Βυζαντινή περίοδο το 430 μ.Χ. καταστρέφεται πάλι από τον Αλάριχο ενώ κατά τον 5ο αιώνα μ.Χ. επίσημα στοιχεία δείχνουν ότι δημιουργούνται οι Επισκοπές «Αμβροσίας» και «Στειρίου», μαρτυρώντας την ύπαρξη πλήθους Χριστιανών στην περιοχή.
Στη διάρκεια της βυζαντινής περιόδου, επέρχεται η αλλαγή ονόματος από Άμβροσσος σε Δίστομο, πιθανότατα λόγω των πηγαδιών με δύο στόμια (εξόδους), που βρίσκονταν εδώ. Για κάποιο διάστημα απαντάται και με τις δύο ονομασίες.
Ο Παυσανίας αναφέρει την Άμβροσσο, η οποία ονομάστηκε από τον ήρωα Άμβροσο (αθάνατος=μη θνητός= α + βροτός). Η Άμβροσσος καταλαμβάνεται το 1200 μ.Χ. από τους Φράγκους, το 1300 από τους Καταλανούς και το 1460  από τους Τούρκους. Μεταξύ Φραγκοκρατίας και Τουρκοκρατίας φαίνεται ότι γίνεται η οριστική αλλαγή της ονομασίας.
Πολύ σημαντική χαρακτηρίζεται η συνεισφορά του Διστόμου στον ξεσηκωμό του Γένους και πολύ σημαντικές είναι οι μάχες που έλαβαν χώρα στην περιοχή μ πρωτεργάτες δύο από τους σημαντικότερους ήρωες της Επανάστασης, τον Αθανάσιο Διάκο και το Γεώργιο Καραϊσκάκη.
Στις 17 Ιανουαρίου του 1827 λαμβάνει χώρα η μάχη του Διστόμου που κράτησε μέχρι τις 6 Φεβρουαρίου. Η μακρότερη μάχη όλου του αγώνα, με αρχηγό τον Γεώργιο Καραϊσκάκη, η σημασία της οποίας θεωρήθηκε πολύ σημαντική για την εξέλιξη της Επανάστασης. Έγινε ακριβώς μετά την πτώση του Μεσολογγίου και  αναπτέρωσε το ηθικό των Ελλήνων, καθώς τότε απομακρύνθηκαν οριστικά και οι Τούρκοι από τη Ρούμελη.
Κατά τον πόλεμο της εθνικής ανεξαρτησίας όλοι οι οπλαρχηγοί θα περάσουν από το Δίστομο και για ένα διάστημα θα γίνει έδρα της Ρούμελης. Μετά την απελευθέρωση εντάσσεται στο νομό Βοιωτίας όπου παραμένει μέχρι σήμερα.
Το 1897, Διστομίτες λαμβάνουν μέρος στον τότε Ελληνοτουρκικό πόλεμο, ενώ το 1915 η περιοχή σπαράσσεται από τον Πανελλήνιο διχασμό βενιζελικών και αντιβενιζελικών. Η αντίσταση κατά των κατακτητών της περιοχής ήταν τόσο σημαντική την περίοδο 1940-1944 που οι Γερμανοί ναζιστές γύρευαν αφορμή να αντεκδικηθούν για τις μεγάλες και ταπεινωτικές τους ήττες στην περιοχή.
Η νεότερη ιστορία του Διστόμου σημαδεύεται από το γεγονός της Σφαγής της 10ης Ιουνίου 1944. Το καλοκαίρι του 1943 αντιστασιακές ομάδες του Διστόμου, Στειρίου και Αντίκυρας αντιστέκονται στη διέλευση ισχυρών, ιταλογερμανικών δυνάμεων προξενώντας σημαντικότατες απώλειες στον εχθρό. Στις 24 Απριλίου του 1944 στην περιοχή Καρακόλιθος, για αντίποινα σε ενέδρα αντιστασιακών ομάδων οι Γερμανοί εκτελούν όμηρους από τις φυλακές Λειβαδιάς.
Την 10η Ιουνίου 1944 ξημερώνει η καθοριστική καμπή στην ιστορία του Διστόμου. Τα νέα από το μέτωπο ήταν καλά. Τέσσερις μέρες πριν, στις 6 Ιουνίου, οι σύμμαχοι είχαν αποβιβαστεί στη Νορμανδία. Οι Γερμανοί κατακτητές βλέποντας να φτάνει το τέλος της αυτοκρατορίας τους καταλαμβάνονται από αμόκ καταστροφής. Ήθελαν να τρομοκρατήσουν τους κατοίκους ώστε να πάψουν να ενισχύουν τις οργανωμένες ανταρτικές ομάδες που δρούσαν στην περιοχή. Στα πλαίσια των εκκαθαριστικών επιχειρήσεων εκείνο το πρωϊνό μια φάλαγγα 7 αυτοκινήτων με Γερμανούς στρατιώτες, ξεκίνησε από τη Λιβαδειά με κατεύθυνση  το Δίστομο. Τα δύο πρώτα οχήματα είναι γεμάτα με Γερμανούς στρατιώτες ντυμένους μαυραγορίτες, με σκοπό να προσεγγίσουν τους αντάρτες που ανύποπτοι θα πλησίαζαν τα αυτοκίνητα. Από τον Καρακόλιθο και μετά σκορπούν το θάνατο. Στη διασταύρωση Διστόμου - Αράχωβας συναντιούνται με άλλα 60 αυτοκίνητα γεμάτα Γερμανούς στρατιώτες που έρχονταν από την Άμφισσα με κατεύθυνση το Δίστομο.
Μπαίνουν στο Δίστομο και οι κάτοικοι ανυποψίαστοι, βλέπουν τους ομήρους και ανησυχούν. O επικεφαλής των Γερμανών, δε δέχεται τη συνάντηση που ζητούν ο Πρόεδρος της κοινότητας και ο ιερέας του χωριού και τοποθετεί τους στρατιώτες του στα υψώματα γύρω από το χωριό ενώ ανακοινώνει ότι όποιος δεν κλειστεί στα σπίτι του θα θεωρηθεί αντάρτης και θα εκτελείται επί τόπου.
Παράλληλα συγκεντρώνουν πληροφορίες ότι στο κοντινό Στείρι κινούνται αντάρτες της περιοχής και ένα τμήμα ξεκινά για εκεί. Λίγο πριν φτάσουν στο Στείρι πέφτουν σε ενέδρα των ανταρτών που στρατοπέδευαν στην περιοχή. Μετά από σχετικά σύντομη μάχη με ακαθόριστες απώλειες εκατέρωθεν, η πομπή επιστρέφει στο Δίστομο. Έξαλλος ο επικεφαλής λοχαγός Λάουτενμπαχ, αναλαμβάνει την επιχείρηση αντιποίνων και σύσσωμη η δύναμη των Ναζιστικών δυνάμεων επιπίπτει επί των αμάχων κατοίκων του χωριού, εκτελώντας την διαταγή της πλήρους εξόντωσης.
Οι κάτοικοι, όσοι δεν κατάφεραν να διαφύγουν νωρίτερα, κλείνονται έντρομοι στα σπίτια τους. Τους έρημους δρόμους του χωριού διατρέχουν εξαγριωμένοι στρατιώτες. Μπαίνουν στα σπίτια, σκοτώνουν, καίνε, σφάζουν… Γέροι, γριές, γυναίκες ακόμα και βρέφη. Ό,τι κινείται, εξολοθρεύεται. Από περιγραφές του Στάθη Σταθά, πληροφορούμαστε ότι οι βιαιότητες συνεχίστηκαν τις επόμενες ημέρες με ιδιαίτερη αγριότητα.

Πηγή:
www.daa.gov.gr