Η πεδιάδα της Χαιρώνειας κατοικείται από τους νεολιθικούς χρόνους και ο αρχαίος οικισμός της αναπτύχθηκε στους βόρειους πρόποδες του όρους Θουρίου και καθοριστική για την ιστορία της υπήρξε η θέση της, πάνω στο πέρασμα από τη Βόρεια Ελλάδα προς την Αττική και κοντά στη μεθόριο με τις φωκικές πόλεις Πανοπέα και Δαυλίδα. Συχνά βρέθηκε στο επίκεντρο αντιπαραθέσεων ενώ η ευρύτερη περιοχή αποτέλεσε πεδίο ορισμένων από τις κρισιμότερες πολεμικές συγκρούσεις του αρχαίου κόσμου. 
Σύμφωνα με τον Ηρόδοτο οι Πέρσες επιστρέφοντας από τη μάχη των Θερμοπυλών, κατέστρεψαν τις φωκικές πόλεις και μαζί τους την Χαιρώνεια. Το 447 π.Χ. ο στρατηγός Τολμίδης εισέβαλε στη Βοιωτία για να επιβάλει την τάξη, κατέλαβε τη Χαιρώνεια και τιμώρησε σκληρά τους κατοίκους της. Ωστόσο, μετά την πανωλεθρία που υπέστη λίγο αργότερα στην Κορώνεια (446 π.Χ.) από τους ενωμένους Ορχομένιους, Λοκρούς και Ευβοείς, η Χαιρώνεια ελευθερώθηκε, βάζοντας τέλος στη αθηναϊκή κυριαρχία της Βοιωτίας.
Η Χαιρώνεια ήταν υπό τον έλεγχο του Ορχομενού, τουλάχιστον έως το 395 π.Χ., οπότε ανεξάρτητη πιά, ενώθηκε με τις Κώπες και την Ακραιφία, με δικαίωμα εκλογής ενός Βοιωτάρχη στο Κοινό των Βοιωτών. Στη διάρκεια του Ιερού Πολέμου η Χαιρώνεια πολιορκήθηκε (354 π.Χ.) και καταλήφθηκε από τους Φωκείς (351 π.Χ.), για να επιστρέψει λίγο αργότερα στη βοιωτική πλευρά.
Η μάχη της Χαιρώνειας, τέλη Αυγούστου 338 π.Χ., μεταξύ Θηβαίων, Αθηναίων και Φιλίππου Β’, σηματοδότησε το τέλος του θεσμού της πόλης-κράτους. Ως μνημείο στον ομαδικό τάφο των 300 ιερολοχιτών στήθηκε στο πεδίο ο Λέων της Χαιρώνειας. Το 245 π.Χ. οι Θηβαίοι, σύμμαχοι της Αχαϊκής Συμπολιτείας, συγκρούονται στη Χαιρώνεια με στρατεύματα της Αιτωλικής Συμπολιτείας και πριν φθάσει βοήθεια παθαίνουν πανωλεθρία. Χάνουν πάνω από 1.000 άνδρες και αναγκάζονται να συμμαχήσουν με τους Αιτωλούς.
Εξίσου φονική ήταν η σύγκρουση μεταξύ του στρατηγού Μιθριδάτη Αρχέλαου και του Ρωμαίου στρατηγού Λεύκιου Κορνήλιου Σύλλα, με νίκη για τον τελευταίο. Οι ρωμαϊκές δυνάμεις, με τη βοήθεια των Χαιρωνέων, ανέβηκαν τη νύχτα στο βουνό, κύκλωσαν τον στρατό του Μιθριδάτη και τον συνέτριψαν. Μεταξύ 46 - 120 μ.Χ. γεννήθηκε και έζησε στη Χαιρώνεια, ο Πλούταρχος, πολυδιάστατο πνεύμα, με δραστήρια κοινωνική και πολιτική ζωή και τεράστιο συγγραφικό έργο, γράφοντας και ασκώντας ιερατικά καθήκοντα ως άρχων.